Джонатан Едвардс народився 5 жовтня 1703 в Іст-Віндзор, в штаті Коннектикут, в сім’ї пастора. У 13 років він вступив до Єльський коледж, в 1720 році отримав там ступінь бакалавра, а в 1723 році — ступінь магістра. Деякий час, в 1722–1723 роках, він був пастором пресвітеріанської церкви в Нью-Йорку, а потім знову повернувся в Йель, де став займатися викладацькою діяльністю. У 1727 році він прийняв пропозицію стати помічником пастора в конгрегаціоналістської церкви в Нортхемптон, в штаті Массачусетс.
Після смерті Соломона Стоддард в 1729 році Едвардс став пастором нортхемптонской церкви і продовжував їм залишатися аж до 1750 року. В цей час він став головною дійовою особою кількох пробуджень в середині тридцятих років вісімнадцятого століття, а також Великого пробудження 1740–1742 років. Він видав кілька проповідей і трактатів, в тому числі «Трактат про релігійні почуття» в 1746 році. Завдяки своїм проповідям і творам Едвардс в недалекому майбутньому придбав всесвітню популярність як найвидатніший американський пастор, богослов і мислитель.
Як не дивно, в 1750 році Едвардс був зміщений з посади пастора нортхемптонской громади. Незабаром він переїхав в прикордонне містечко Стокбридж, в штаті Массачусетс, де ніс місіонерське служіння серед американських індіанців племені могавков і могікан. Він продовжував писати, опублікував такі свої твори, як «Свобода волі» (1754) і «Первородний гріх» (1758).
Опікунська рада коледжу в Нью-Джерсі, який тепер називається Прінстонським університетом, запропонував Едвардсу стати президентом цього навчального закладу. У 1758 року Едвардс прийняв цю пропозицію. Але через два місяці, 22 березня, він помер.
Едвардс залишив після себе велику спадщину: одинадцять дітей, сімдесят два онука, а також велика кількість творів, багато з яких були опубліковані після його смерті. Книги продовжують справу всього його життя — працю пастора церкви.