Джонатан Эдвардс родился 5 октября 1703 года в Ист-Уиндзоре, в штате Коннектикут, в семье пастора. В 13 лет он поступил в Йельский колледж, в 1720 году получил там степень бакалавра, а в 1723 году — степень магистра. Некоторое время, в 1722–1723 годах, он был пастором пресвитерианской церкви в Нью-Йорке, а затем снова вернулся в Йель, где стал заниматься преподавательской деятельностью. В 1727 году он принял предложение стать помощником пастора в конгрегационалистской церкви в Нортхэмптоне, в штате Массачусетс.
После смерти Соломона Стоддарда в 1729 году Эдвардс стал пастором нортхэмптонской церкви и продолжал им оставаться вплоть до 1750 года. В это время он стал главным действующим лицом нескольких пробуждений в середине тридцатых годов восемнадцатого века, а также Великого пробуждения 1740–1742 годов. Он издал несколько проповедей и трактатов, в том числе «Трактат о религиозных чувствах» в 1746 году. Благодаря своим проповедям и произведениям Эдвардс в скором будущем приобрел всемирную известность как самый выдающийся американский пастор, богослов и мыслитель.
Как ни странно, в 1750 году Эдвардс был смещен с должности пастора нортхэмптонской общины. В скором времени он переехал в пограничный городок Стокбридж, в штате Массачусетс, где нес миссионерское служение среди американских индейцев племени могавков и могикан. Он продолжал писать, опубликовал такие свои произведения, как «Свобода воли» (1754) и «Первородный грех» (1758).
Попечительский совет колледжа в Нью-Джерси, который теперь называется Принстонским университетом, предложил Эдвардсу стать президентом этого учебного заведения. В январе 1758 года Эдвардс принял это предложение. Но через два месяца, 22 марта, он умер, не перенеся прививку от оспы.
Эдвардс оставил после себя большое наследство: одиннадцать детей, семьдесят два внука, а также большое количество произведений, многие из которых были опубликованы после его смерти. Книги продолжают дело всей его жизни — труд пастора церкви.