Київська богословська семінарія була заснована в 1995 році з ініціативи Всеукраїнського союзу євангельських християн-баптистів та завдяки баченню ректора семінарії Анатолія Прокопчука. Метою стало створення навчального закладу, який забезпечував би ґрунтовну богословську підготовку служителів на ниві Божій.
За двадцять років з моменту заснування семінарії 450 студентів стали випускниками різноманітних програм підготовки за богословським напрямом. Сотні християн мали змогу відвідати освітні заходи та отримати спеціалізовану практичну підготовку в семінарії. Випускники закладу звершують пасторське, вчительське, молодіжне, місіонерське служіння не тільки на теренах України, але й далеко за її межами.